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由于該病多發生于當年12月至次年的3-4月間，因此首先應當考慮用疫苗進行預防。
目前常用的疫苗多為輪狀病毒、流生性腹瀉二聯苗，流行性腹瀉、傳染性胃腸炎、輪狀病毒三聯苗。由于該類疫苗產生免疫力需要一定時間，因此接種時間應盡量提前至每年的11月中旬左右。
目前使用的疫苗多為20頭份/瓶，斷奶仔豬、架子豬和育肥豬每頭注射一個劑量，生產母豬每頭注射2個劑量，可產生3-5個月的免疫力，保護整個冬季免受腹瀉痛毒的侵害。防疫后應注意加強消毒，以防止在疫苗未產生作用時即被感染。
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