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1、增進土壤肥力 施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧住⑩浕衔铮纳谱魑锏臓I養(yǎng)條件。
2、制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng) 根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產(chǎn)生大量的植物生長激素，刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植株生長健壯，促進對營養(yǎng)元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力 微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
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