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重茬是造成大蔥根腐病的關鍵因素。由于連續多年種植，土壤中病原菌增多，重茬病害在所難免，極易造成大蔥根腐死棵。受連續陰雨天氣影響，土壤濕度過大，透氣性下降，影響根部正常呼吸，植物自身抗性下降。若此時培土，造成大量傷口，病原菌有機可乘，因而加劇了病害的發生。大蔥培土后蔥根埋得較深，發病后再進行灌根，效果不理想，所以做好前期預防是關鍵。
大蔥培土前，可隨水沖施根施通，可產生強大的免疫組化抗體，能為植物營養元素導航而促使匹配輸送，抑制病原菌侵染；培土后，若發現病株，要及時扒開壟土，施入根施通+96%的惡霉靈3000倍液+生根劑，三者配合灌根防治。在多雨天，要注意做好大田排水，避免積水漚根，誘發根腐病等。在多年種植大蔥的地塊，應與其他作物輪作，但是不能與百合科的大蒜、韭菜輪作。
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